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小米手机设置短信密码保护功能，可以通过应用锁或者应用隐私设置来实现。以下是具体的操作步骤。
使用应用锁
1、打开小米手机，找到设置选项。
2、在设置菜单中找到并点击“应用设置”。
3、在应用设置中选择“应用锁”选项。
4、打开应用锁后，在列表中找到“短信”应用，将其旁边的开关打开，这样就成功设置了短信密码保护功能。
方法二：使用隐私保护设置
1、打开小米手机，找到设置选项。
2、进入设置菜单后选择“隐私保护”选项。
3、在隐私保护设置中，找到并点击“应用锁”选项。
4、找到短信应用并为其开启应用锁功能，还可以选择开启隐私保护开关，以隐藏通知内容等方式来保护短信隐私。
也可以考虑使用第三方软件来加密短信，如通过下载安全软件并在其中设置短信加密功能，需要注意的是，使用密码保护功能时，应牢记所设置的密码，避免遗忘导致无法访问短信应用，保护手机安全也很重要，避免手机丢失或被盗造成信息泄露。
操作步骤可能因为不同的手机版本或MIUI版本而有所不同，如有疑问请咨询小米官方客服。